Beberapa kali sering kita dengar hubungan negara ini selalu pasang surut . Pada tahun 1963, terjadi konfrontasi antara Indonesia dan Malaysia. Perang ini berawal dari keinginan Malaysia untuk menggabungkan Brunei, Sabah dan Sarawak dengan Persekutuan tanah melayu pada tahun 1961.Pada tahun 2002 juga sempat kembali memburuk karena kepulauan sipadan dan pingitan di kalaim oleh malaysia agar sebagian menjadi wilayah mereka,dan ternyata menurut hasil keputusan dari mahkamah Internasional, bahwa kedua kepulauan tersebut milik mereka.Selain itu, pada 2005 terjadi sengketa mengenai batas wilayah dan kepemilikan Ambalat .Selain itu pula. Pada Oktober 2007 terjadi konflik akan lagu Rasa sayang-sayange dikarenakan lagu ini digunakan oleh departemen Pariwisata Malaysia untuk mempromosikan kepariwisataan Malaysia, yang dirilis sekitar Oktober 2007. Sementara Menteri Pariwisata Malaysia Adnan Tengku Mansor mengatakan bahwa lagu Rasa Sayange merupakan lagu Kepulauan Nusantara (Malay archipelago), Gubernur Maluku Karel Albert Ralahalu bersikeras lagu "Rasa Sayange" adalah milik Indonesia, karena merupakan lagu rakyat yang telah membudaya di provinsi ini sejak leluhur, sehingga klaim Malaysia itu hanya mengada-ada. Gubernur berusaha untuk mengumpulkan bukti otentik bahwa lagu Rasa Sayange merupakan lagu rakyat Maluku, dan setelah bukti tersebut terkumpul, akan diberikan kepada Menteri Kebudayaan dan Pariwisata. Menteri Pariwisata Malaysia Adnan Tengku Mansor menyatakan bahwa rakyat Indonesia tidak bisa membuktikan bahwa lagu Rasa Sayange merupakan lagu rakyat Indonesia.
Bapak Presiden SBY sudah memberikan pendapatnya terhadap masalah ini dengan tegas tentang hubungan kedua negara yang semakin memanas,Malaysia sudah mempersiapkan tentara untuk perang terhadap Indonesia , tetapi Presiden SBY mengahadapi masalah tersebut dengan Dipilihnya Mabes TNI oleh Presiden SBY sebagai lokasinya menyampaikan pernyataan atas hubungan RI- Malaysia, memang menyiratkan pesan tertentu. Yaitu ketegasan sikap Indonesia terus menjaga hubungan baik dengan Malaysia tapi tidak berkompromi bila menyangkut kedaulatan negara. Itu yang menjadi Isyarat dari ketegasan sikap kita .
Bagaimanapun kita tetap menghormati dan menjaga hubungan baik, tetapi tidak akan membiarkan bila menyangkut kehormatan bangsa kita sebagai bangsa berdaulat.
Semoga hubungan Indonesia dan Malaysia tetap terjalin baik .
